水生植物园分两部分，第一部分是水生植物的集中展示区，第二部分是水生植物的大面积种植区，共占地面积为15 万平方米。由中科院武汉植物研究所和南京水生植物研究院规划设计，它的规划理念是以原始植被为模型，以自然界花境为依托，使水生植物回归自然，展示水生植物野外自然生长的群落景观。 

这里有南北方水生植物1000 多个品种，是江北水生植物品种最多、面积最大的水生植物园，被称为我国水生植物的基因库。  

在水生植物园中，不仅可以看到千姿百态的湿地植物，还可以了解搭配湿地及湿地植物的环境保护及科研价值。